给定目录中的一个酶和一个表达宿主，平台做受约束的密码子设计，配上启动子、RBS 与终止子，拆成带唯一突出端的 Golden Gate 片段并在计算机里模拟组装，最后导出 GenBank 与引物表。设计结果与朴素“只取最高频密码子”并排列出。
朴素方案对每个氨基酸只取宿主最高频密码子。两者翻译出的蛋白逐位一致，差别只在同义密码子的选择。下面的数字都是序列自身的计算性质。
| 朴素最高频 | 约束优化 | |
|---|---|---|
| 有约束违反的组数（共 42 组） | 42 | 0 |
| 禁用酶切位点合计 | 42 | 0 |
| 重复 10-mer 合计 | 1283 | 0 |
| 同聚物超过 5 的组数 | 41 | 0 |
| 平均 CAI | 1.000 | 0.965 |
| 平均 GC | 0.408 | 0.421 |
| 反译与目录蛋白一致 | 42/42 | 42/42 |
约束：禁用 BsaI、BsmBI、BbsI、NdeI、XhoI 位点；全局 GC 35–65%；50 nt 窗口 GC 25–75%；同聚物不超过 5；无重复 10-mer；5′端 ΔG 不低于 −6 kcal/mol；无稀有密码子簇。CAI 的小幅下降是满足这些约束的代价。联跑脚本随项目分发，可复算。
每项只带一个状态：已实装＝本地可运行并有测试；部分＝可用但有写明的缺口；未开放、不做各写明原因。
| 功能 | 状态 | 说明 |
|---|---|---|
| 目录蛋白的密码子设计 | 已实装 | 14 个常见工业生物催化酶与报告蛋白，3 个宿主（大肠杆菌 K-12、酿酒酵母 S288c、毕赤酵母 GS115）；反译核对 100% 一致才返回。 |
| Golden Gate 计算机模拟 | 已实装 | 突出端唯一性、内部位点检查、模拟酶切连接并与设计逐位比对；内部位点未移除、突出端冲突两类故障可在工作台复现检出。 |
| GenBank、FASTA、引物表导出 | 已实装 | 写出后回读比对，不一致不返回文件。引物 Tm 用最近邻法，二聚体与发夹为粗检。 |
| route/v1 酶步骤导入 | 已实装 | 只按完整四级 EC、登录号或名称完全相等匹配目录；匹配不上显示“目录无此酶”。 |
| 多基因操纵子与多盒方案 | 部分 | 给出序列与注释；未做多基因的 Golden Gate 拆分。 |
| 酵母宿主的表达盒组装 | 部分 | 元件库只有大肠杆菌 T7 体系，酵母宿主只做编码区层面的设计与组装。 |
| 组装骨架 | 部分 | 骨架只含 nptII 编码序列，没有复制起点，用于模拟，不是可直接用于湿实验的质粒。 |
| 三维酶结构 | 未上架 | 未取得许可明确的公开结构文件，未接入。 |
| 自定义序列 | 未开放 | 需要先有序列安全筛查机制（待建）。 |
| 实验表现预测（表达水平、活性、溶解度） | 不做 | CAI、GC、5′端 ΔG 是序列的代理量，不能推出实验结果。 |
序列与元件均可回到公开记录核对；取回日期和版本随记录保存。
UniProtKB 2026_03，经 REST 接口取回，取回日期 2026-10-04；数据许可 CC BY 4.0。每条带 DOI 与 Crossref 核对结果，2 条为 TrEMBL 未审核条目，3 个蛋白的 EC 号待验证。
由 NCBI RefSeq 的 CDS 自行统计：大肠杆菌 K-12 共 4209 条、酿酒酵母 S288c 共 5988 条、毕赤酵母 GS115 共 5032 条；相对适应度 w 以核糖体蛋白基因为参考集。
29 个元件，序列按 GenBank 记录的坐标回取并核对，每个带来源坐标与使用条款；复制起点因缺少可核对的权威区间未收录，原因写在元件库页。